Начало монастырю положено в 1810, когда на территории был открыт архиерейский дом с домовой церковью Амвросия Медиоланского. В 1860 начато строительство монастырского собора и основных зданий монастыря. Монастырь открыт 22 июня 1868, как знак благодарности за спасение императора Александра II во время покушения 4 апр. 1866. Основатель монастыря – св. Варсонофий, в миру Василий Иванович Макарухин (1805-1890), богатый москвич, потративший свое огромное состояние на строительство монастыря. Канонизирован в 1988. Монастырь закрыт в нач. 1920-х, в монастыре размещалось подсобное хозяйство и общежитие патронного завода, все здания монастыря, включая башни ограды, приспособлены под жилье. Вновь монастырь открыт в 1990 как женский, в 2001 преобразован в мужской с переводом сюда братии из Богородице-Рождественского монастыря.