С 1605 до кон. 1650-х мужской монастырь существовал вне города, в устье реки Киргизки. В 1663 монастырь перенесли на нынешнее место, на Юрточную гору на окраине Томска. Кирпичная ограда с башнями и кельи выстроены в XIX в. Закрыт в нач. 1920-х, территория занята педагогическим техникумом. Восстановлен в 1999.