Монастырь основан в кон. XVI — нач. XVII вв. По разным версиям основательницами называются М. Ф. Нагая или К. И. Шестова. Первоначально находился в юго-западной части кремля. В 1609 был разорён поляками. Восстановлен в 1620-х. В 1661 перенесён на нынешнее место. В 1689-1700 построен первый каменный храм. В 1764 получил статус третьеклассного. В XIX в. велось активное каменное строительство. С сер. века являлся одним из наиболее значительных и известных монастырей Ярославской епархии. Число насельниц достигало 250 человек. Монастырь был закрыт примерно в 1930. В 1930-1960-е его архитектурный ансамбль значительно пострадал. В 2003 Федоровская и Смоленская церкви были возвращены верующим. В 2010 началось возрождение монастыря.