Мужской монастырь основан как киновия архиепископом Таврическим Иннокентием на месте заточения св. Климента в каменоломнях недалеко от Севастополя. Расчищены и освящены бывшие здесь древние пещерные церкви. В 1854 во время Крымской войны разграблен англичанами, в 1905 получил статус монастыря. Закрыт в 1926, в 1991 возвращен Церкви и возобновлен как приход, в 1993 вновь устроен мужской монастырь.