Точное время основания монастыря неизвестно, первое документальное упоминание датируется 1408 годом, когда в обитель пришел преподобный Михаил Клопский. В Смутное время монастырь сожжен шведами, возобновлен в 1630-х. В XIX веке монастырь стал приходить в упадок и в начале XX века переделан в женский. После 1917 закрыт, в 1923 передан Новгородскому музею. В 2005 обитель возвращена епархии и возрождается как мужской монастырь.