Монастырь изначально основан как мужской в конце XII в. прп. Варлаамом в местечке Хутынь на правом берегу Волхова. Известность получил в конце XV в. после посещения царем Иоанном III. Несмотря на ущерб, полученный в Смутное время, к концу XVIII в. это был один из богатейших северных монастырей. Закрыт в 1920-х, сильно пострадал во время ВОВ. В 1994 возвращен епархии и возобновлен как женский монастырь.