Основан в 1656 патр. Никоном как подмосковное подобие Святых Мест Палестины, в первую очередь — Иерусалима и его окрестностей. Приостановленное в 1666 после ссылки патр. Никона строительство монастыря возобновлено в 1679 и завершено в 1690-х. В XVIII-XIX вв. — один из наиболее почитаемых монастырей Подмосковья. Закрыт в 1919, в 1920 стал музеем, сильно разрушен в 1941. Открыт в 1994, существует параллельно с историко-архитектурным музеем.