Возник в кон. XVI — нач. XVII в. на участке монастыря Николы Старого. Особо известен существовавшей при нем Славяно-греко-латинской академией. Закрыт после революции. Богослужения возобновлены в 1992, однако собор ныне является приходским храмом. Многие помещения монастыря заняты посторонними организациями.