Монастырь устроен в Курске в 1612 в память избавления от нападения поляков. В Знаменском монастыре и Коренной пустыни попеременно хранилась чудотворная Курская Коренная икона Богоматери Знамение. Стена с башнями и кельи в основном выстроены в кон. XVIII в. В XIX в. в монастыре помещались духовное училище и архиерейский дом (c 1833). Закрыт в нач. 1920-х, постройки заняты заводом и музеем. Восстановлен в 1993 на части территории.